Auf allen Flügen werden durchgängig kostenlose Getränke angeboten. Bei längeren Flügen kann der Fluggast auf kleinere Mahlzeiten zurückgreifen. Heiße Speisen können bis 48 Stunden vor dem Abflug separat bestellt werden. Kleinere Haustiere dürfen mit an Bord genommen werden – allerdings sollten die Transport-Boxen dem Standard entsprechen und die vorgegebenen Größen und Gewichtsgrenzen nicht überschreiten. Das Vielfliegerprogramm der Estonian Air trägt den Namen EuroBonus. Die Mitgliedschaft ist kostenlos. Bei Eintritt werden 1000 Bonuspunkte gewährt. Punkte können auf Flügen, bei Hoteleinrichtungen oder Mietwagenfirmen gesammelt werden. Bonuspunkte lassen sich auf Freunde und Verwandte übertragen. Die erworbenen Punkte können gegen Prämien-Reisen eingetauscht werden. Der E-Club ist ein weiteres Kundenbindungsprogramm der Airline. Mitglieder erhalten Neuigkeiten, Informationen und Angebote rund um die Linienfluggesellschaft.