Maschinen von Pegasus Airlines fliegen täglich über 90 mal eine von 57 Destinationen in 19 Ländern an. Pegasus Airlines fliegt dabei jeden bedeutenden Flughafen in der Türkei sowie in Westeuropa an. Als Drehkreuz fungiert hierbei weiterhin der Airport von Istanbul. Dabei setzt die Airline bisher auf das Flugzeug des Herstellers Boeing, hat jedoch vor, den Großteil der Flotte durch moderne Maschinen der Airbus A320neo- und A321neo-Reihe zu ersetzen. Personen fliegen bei Pegasus Airlines in einer einzigen Beförderungsklasse, wobei sich die kostenpflichtige Verpflegung an Bord im Flying Cafe auch vorab über das Internet buchen lässt. Hierbei können bis zu zehn Prozent gespart werden.